При установке расширения OpenPGP скорее всего записи об установке и конфигурационные файлы будут обновлены только для настроек интерпретатора при работе через nginx, apache и тд
Расширение не ставится по умолчанию для консольной работы PHP.
Чтобы прописать пусти и настройки OpenPGP необходимо открыть php-cli / php.ini и там вручную прописать расширение и указать путь до so файла:
[gnupg] extension=/usr/lib/php5/20131226/gnupg.so
Чтобы узнать точный путь до gnupg.so можно вызвать команду:
find / -name 'gnupg.so'
После этого при перезапуске интерпретатора команды расширения GnuPG будут доступны из консоли.